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Partitiviridae ( каталонски; валенсиски )

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Partitiviridae és una família de virus de les plantes i els fongs que és del tipus d’ARN bicatenari. Rep el nom del llatí partitius, que significa “dividit”, ja que tenen genomes segmentats.

Gèneres

Partitiviruses principalment infecta fongs i en canvi Alphacryptoviruses i Betacryptoviruses infecten plantes. Són bastant específics pel que fa als seus hostes i en les plantes es transmeten generalment per les llavors. Fins recentment es considerava que la família Chrysoviridae també formava part del partitivirus

Referències

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Partitiviridae: Brief Summary ( каталонски; валенсиски )

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Partitiviridae és una família de virus de les plantes i els fongs que és del tipus d’ARN bicatenari. Rep el nom del llatí partitius, que significa “dividit”, ja que tenen genomes segmentats.

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Partitiviridae ( англиски )

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Partitiviridae is a family of double-stranded RNA viruses.[2] Plants, fungi, and protozoa serve as natural hosts. It has been suggested that they can also infect bacteria.[3] The name comes from the Latin partitius, which means divided, and refers to the segmented genome of partitiviruses. There are five genera and 60 species in the family, 15 of which are unassigned to a genus.[4][5]

Structure

Penicillium stoloniferum virus F (PsV-F), Gammapartititvirus, and PsV-F CP dimer

Viruses in the family Partitiviridae are non-enveloped with icosahedral geometries and T=1 symmetry.[6] The diameter of partitiviruses is around 25–43 nm.[4]

Genome

Genome of atkinsonella hypoxylon virus (AhV) of genus Betapartitivirus

Partitiviruses have double-stranded RNA genomes divided into two genomic segments, and there may be additional subgenomic segments. The two genome segments are packaged in separate virus particles. They code for two separate proteins. The first segment codes for the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), and the second segment codes for the coat protein. The segments are around 1.4–3.0 kbp in length, while the total genome length is around 3.0–4.8 kbp.[4][6]

Life cycle

Viral replication is cytoplasmic. Entry into the host cell is achieved by penetration into the host cell. Replication follows the double-stranded RNA virus replication model. Double-stranded RNA virus transcription is the method of transcription. The virus exits the host cell by cell-to-cell movement. Fungi and plants serve as the natural host.[4][6] Cryspoviruses infect apicomplexian protozoa of the genus Cryptosporidium,[7] while viruses of the other genera infect plants and fungi. It has been suggested that they can also infect bacteria.

Phylogenetics

Based on the RNA polymerase gene this group can be divided into four clades (I-IV).[8] Four isolates from animals and protozoans form a fifth clade. Clades I–IV consist of mixtures of partitivirus-like sequences from plants and fungi.

Taxonomy

Phylogenetic tree of Partitiviridae

There are five recognized genera within the Partitiviridae family. There are an additional fifteen species in the family unassigned to a genus:[4][5]

Alphapartitivirus

Betapartitivirus

Cryspovirus

Deltapartitivirus

Gammapartitivirus

Unassigned to a genus:

References

  1. ^ Tang, J.; Pan, J.; Havens, W. M.; Ochoa, W. F.; Guu, T. S. Y.; Ghabrial, S. A.; Nibert, M. L.; Tao, Y. J.; Baker, T. S. (2010). "Backbone Trace of Partitivirus Capsid Protein from Electron Cryomicroscopy and Homology Modeling". Biophysical Journal. 99 (2): 685–694. Bibcode:2010BpJ....99..685T. doi:10.1016/j.bpj.2010.04.058. PMC 2905076. PMID 20643089.
  2. ^ Vainio, EJ; Chiba, S; Ghabrial, SA; Maiss, E; Roossinck, M; Sabanadzovic, S; Suzuki, N; Xie, J; Nibert, M; Ictv Report, Consortium (January 2018). "ICTV Virus Taxonomy Profile: Partitiviridae". The Journal of General Virology. 99 (1): 17–18. doi:10.1099/jgv.0.000985. PMC 5882087. PMID 29214972.
  3. ^ Neri U, Wolf YI, Roux S, Camargo AP, Kazlauskas D, Min Chen I, Lee B, Ivanova N, Allen LZ, Paez-Espino D, Bryant DA, Bhaya D, Krupovic M, Dolja VV, Kyrpides NC, Koonin EV, Gophna U (17 February 2022). "A five-fold expansion of the global RNA virome reveals multiple new clades of RNA bacteriophages". bioRxiv 10.1101/2022.02.15.480533.
  4. ^ a b c d e "ICTV Online Report Partitiviridae".
  5. ^ a b "Virus Taxonomy: 2020 Release". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). March 2021. Retrieved 20 May 2021.
  6. ^ a b c "Viral Zone". ExPASy. Retrieved 15 June 2015.
  7. ^ Nibert ML, Woods KM, Upton SJ, Ghabrial SA (2009) Cryspovirus: a new genus of protozoan viruses in the family Partitiviridae. Arch Virol 154(12):1959–1965
  8. ^ Liu H, Fu Y, Xie J, Cheng J, Ghabrial SA, Li G, Yi X, Jiang D (2012) Discovery of Novel dsRNA Viral Sequences by In Silico Cloning and Implications for Viral Diversity, Host Range and Evolution. PLoS One. 2012;7(7):e42147.

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Partitiviridae: Brief Summary ( англиски )

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Partitiviridae is a family of double-stranded RNA viruses. Plants, fungi, and protozoa serve as natural hosts. It has been suggested that they can also infect bacteria. The name comes from the Latin partitius, which means divided, and refers to the segmented genome of partitiviruses. There are five genera and 60 species in the family, 15 of which are unassigned to a genus.

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Partitiviridae ( шпански; кастиљски )

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Partitiviridae es una familia de virus que infectan a plantas, hongos, protistas y bacterias.[1]​ Tienen un genoma ARN de doble cadena y por lo tanto se incluyen en el Grupo III de la Clasificación de Baltimore. El nombre procede de la palabra latina partitius que significa dividido y que hace referencia a su genoma segmentado.

Taxonomía

La familia comprende actualmente cinco géneros:[2]

Descripción

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Dibujo esquemático: vista lateral de un par de viriones de los Partitiviridae (centro y derecha), además de uno en sección transversal (izquierda)
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Mapa del genoma de Partitivirridae

Los partitivirus tienen viriones con geometrías icosaédricas y simetría T=1. No poseen envoltura vírica. El diámetro de los partitivirus es de alrededor de 25 a 43 nm. Los genomas son de ARN bicatenario divididos en dos segmentos, aunque puede haber segmentos subgenómicos adicionales. Los segmentos son encapsulados en la misma partícula de virus, codificando los segmentos más largos una ARN polimerasa dependiente de ARN y los más cortos la proteína de la cápside. Los segmentos tienen una longitud de alrededor de 1,4 a 3,0 kpb y la longitud total del genoma es de 3.000-10.000 nucleótidos.[2][3]

La replicación viral se produce en el citoplasma. La entrada en la célula huésped se logra mediante la penetración en la célula huésped. La replicación sigue el modelo de replicación de virus de ARN de doble cadena. La transcripción de virus de ARN de doble cadena es el método de transcripción. El virus sale de la célula huésped mediante el movimiento de célula a célula.[2][3]​ Las plantas, protistas, hongos y bacterias sirven como huéspedes naturales.[1]

Según el gen de la ARN polimerasa, este grupo se puede dividir en cuatro clados (I-IV).[2][3]

Los virus que afectan a las plantas son generalmente transmitidos por las semillas, mientras que en el caso de los Partitivirus fungales lo son solo por transmisión vertical o por anastomosis hifal. Hasta recientemente se incluía un cuarto género en la familia, Chrysovirus, que infecta a hongos tales como Penicillium, pero ahora se clasifica en su propia familia, Chrysoviridae, que incluye el Virus de Penicillium chrysogenum.[2][3]

Referencias

  1. a b Uri Neri, Yuri I. Wolf, Simon Roux, Antonio Pedro Camargo, Darius Kazlauskas, I. Min Chen, Benjamin Lee, Natalia Ivanova, Lisa Zeigler Allen, David Paez-Espino, Donald A. Bryant, Devaki Bhaya, Mart Krupovic, Valerian V. Dolja, Nikos C. Kyrpides, Eugene V. Koonin, Uri Gophna (2022). A five-fold expansion of the global RNA virome reveals multiple new clades of RNA bacteriophages. Biorxiv.
  2. a b c d e Vainio, EJ; Chiba, S; Ghabrial, SA; Maiss, E; Roossinck, M; Sabanadzovic, S; Suzuki, N; Xie, J; Nibert, M; Ictv Report, Consortium (January 2018). «ICTV Virus Taxonomy Profile: Partitiviridae.». The Journal of General Virology 99 (1): 17-18. PMC 5882087. PMID 29214972. doi:10.1099/jgv.0.000985.
  3. a b c d «Viral Zone». ExPASy. Consultado el 15 June 2015.
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Partitiviridae: Brief Summary ( шпански; кастиљски )

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Partitiviridae es una familia de virus que infectan a plantas, hongos, protistas y bacterias.​ Tienen un genoma ARN de doble cadena y por lo tanto se incluyen en el Grupo III de la Clasificación de Baltimore. El nombre procede de la palabra latina partitius que significa dividido y que hace referencia a su genoma segmentado.

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Partitiviridae ( француски )

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Les Partitiviridae sont une famille de virus de l'ordre des Durnavirales, qui comprend cinq genres et 60 espèces (dont 15 non assignées à un genre) acceptés par l'ICTV. Ce sont des virus à ARN à double brin[3] classés dans le groupe III de la classification Baltimore. Les hôtes naturels de ces virus sont des espèces de champignons, de plantes et de protozoaires. Le nom « Partitiviridae » dérive du latin « partitius », qui signifie « divisé », en référence au génome segmenté des Partitivirus. La famille comprend 60 espèces qui sont rattachées à cinq genres ou pour certaines non attribuées à un genre[4],[5],[6].

Les virus de la famille des Partitiviridae, qu'ils infectent des champignons (virus fongiques) ou des plantes (virus végétaux), sont tous associés à des infections latentes de leurs hôtes respectifs, c'est-à-dire sans symptômes apparents. On ne connaît aucun vecteur biologique naturel de ces virus[7].

Les virus fongiques sont transmis par voie intracellulaire lors de la division cellulaire et la sporogenèse (transmission verticale) ainsi qu'après une anastomose hyphale, c'est-à-dire une fusion cellulaire, entre des souches fongiques compatibles (transmission horizontale). Les virus végétaux ne sont pas transmis horizontalement par greffage ou par d'autres moyens mécaniques, mais sont seulement transmis par les ovules ou le pollen à l'embryon de la graine (transmission verticale)[7].

Structure

Les virus de la famille des Partitiviridae sont des virus nus ( non enveloppés) à géométrie icosaédrique de type T = 1. Le diamètre est d'environ 35 à 40 nm[4],[5].

Génome

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Génome de Atkinsonella hypoxylon virus (AhV) du genre Betapartitivirus.

Les Partitivirus ont des génomes à ARN bicaténaire (double brin) divisés en deux segments génomiques essentiels, ARNbc1 et ARNbc2, contenant chacun un gros cadre de lecture ouvert (ORF) sur le brin positif de la molécule d'ARN. Des segments d'ARNbc supplémentaires (satellites ou défectueux) peuvent également être présents. Les segments linéaires d'ARNbc sont encapsidés séparément. Le plus petit des deux segments du génome code généralement la protéine d'enveloppe (CP). Le plus gros segment code l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) associée au virion. Les génomes sont linéaires et mesurent environ 1,4 à 3,0 kb[4],[5].

Cycle biologique

La réplication virale est cytoplasmique. L'entrée dans la cellule-hôte est obtenue par pénétration dans la cellule-hôte. La réplication et la transcription suivent le modèle des virus à ARN double brin. Le virus quitte la cellule hôte par un déplacement de cellule à cellule. Les champignons et les plantes servent d'hôtes naturels[4],[5]. Les Cryspovirus infectent des protozoaires apicomplexiens du genre Cryptosporidium[8], tandis que les virus des autres genres infectent des plantes et des champignons.

Phylogénie

Sur la base du gène de l'ARN polymérase, ce groupe peut être divisé en quatre clades (I-IV)[9]. Quatre isolats d'animaux et de protozoaires forment un cinquième clade. Les clades I à IV sont constitués de mélanges de séquences de type Partitivirus provenant de plantes et de champignons

Taxinomie

Cinq genres ont été reconnus au sein de la famille des Partitiviridae. Quinze autres espèces de cette famille ne sont affectées à aucun genre[4] :

  • Alphapartitivirus
    • Beet cryptic virus 1
    • Carrot cryptic virus
    • Cherry chlorotic rusty spot associated partitivirus
    • Chondrostereum purpureum cryptic virus 1
    • Flammulina velutipes browning virus
    • Helicobasidium mompa partitivirus V70
    • Heterobasidion partitivirus 1
    • Heterobasidion partitivirus 3
    • Rosellinia necatrix partitivirus 2
    • Vicia cryptic virus
    • White clover cryptic virus 1 (espèce-type)
  • Betapartitivirus
    • Atkinsonella hypoxylon virus (espèce-type)
    • Cannabis cryptic virus
    • Ceratocystis resinifera virus 1
    • Crimson clover cryptic virus 2
    • Dill cryptic virus 2
    • Fusarium poae virus 1
    • Heterobasidion partitivirus 2
    • Heterobasidion partitivirus 8
    • Heterobasidion partitivirus P
    • Hop trefoil cryptic virus 2
    • Pleurotus ostreatus virus 1
    • Primula malacoides virus 1
    • Red clover cryptic virus 2
    • Rhizoctonia solani virus 717
    • Rosellinia necatrix virus 1
    • White clover cryptic virus 2
  • Cryspovirus
  • Deltapartitivirus
    • Beet cryptic virus 2
    • Beet cryptic virus 3
    • Fig cryptic virus
    • Pepper cryptic virus 1 (espèce-type)
    • Pepper cryptic virus 2
  • Gammapartitivirus
    • Aspergillus ochraceous virus
    • Discula destructiva virus 1
    • Discula destructiva virus 2
    • Fusarium solani virus 1
    • Gremmeniella abietina RNA virus MS1
    • Ophiostoma partitivirus 1
    • Penicillium stoloniferum virus F
    • Penicillium stoloniferum virus S (espèce-type)
  • Non affectés à un genre
    • Agaricus bisporus virus 4
    • Alfalfa cryptic virus 1
    • Carnation cryptic virus 1
    • Carrot temperate virus 1
    • Carrot temperate virus 2
    • Carrot temperate virus 3
    • Carrot temperate virus 4
    • Gaeumannomyces graminis virus 019/6-A
    • Gaeumannomyces graminis virus T1-A
    • Hop trefoil cryptic virus 1
    • Hop trefoil cryptic virus 3
    • Radish yellow edge virus
    • Ryegrass cryptic virus
    • Spinach temperate virus
    • White clover cryptic virus 3
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Arbre phylogénétique des Partitiviridae.

Notes et références

  1. (en) J. Tang, J. Pan, W.M. Havens, W.F. Ochoa, T. S.Y. Guu, S.A. Ghabrial et M.L. Nibert, « Backbone Trace of Partitivirus Capsid Protein from Electron Cryomicroscopy and Homology Modeling », Biophysical Journal, vol. 99, no 2,‎ 2010, p. 685–694 (DOI , Bibcode ).
  2. ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté le 24 janvier 2021
  3. (en) EJ Vainio, S Chiba, SA Ghabrial, E Maiss, M Roossinck, S Sabanadzovic et N Suzuki, « ICTV Virus Taxonomy Profile: Partitiviridae », The Journal of General Virology, vol. 99, no 1,‎ janvier 2018, p. 17–18 (DOI ).
  4. a b c d et e (en) « ICTV Online Report Partitiviridae ».
  5. a b c et d (en) « Viral Zone », ExPASy (consulté le 15 juin 2015).
  6. (en) ICTV, « Virus Taxonomy: 2014 Release » (consulté le 15 juin 2015).
  7. a et b (en) S.A.Ghabrial, W.F.Ochoa, T.S.Baker, M.L.Nibert, « Partitiviruses: General Features », dans Brian W.J. Mahy, Marc H.V. Van Regenmortel, Encyclopedia of Virology, Elsevier Ltd., 2008, 3e éd., 3234 p. (ISBN 978-0-12-374410-4), p. 68-75.
  8. (en) Nibert ML, Woods KM, Upton SJ, Ghabrial SA, « Cryspovirus: a new genus of protozoan viruses in the family Partitiviridae », Arch. Virol., vol. 154, no 12,‎ 2009, p. 1959–1965.
  9. (en) Liu H, Fu Y, Xie J, Cheng J, Ghabrial SA, Li G, Yi X, Jiang D, « Discovery of Novel dsRNA Viral Sequences by In Silico Cloning and Implications for Viral Diversity, Host Range and Evolution », PLoS One, vol. 7, no 7,‎ 2012, e42147.

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Les Partitiviridae sont une famille de virus de l'ordre des Durnavirales, qui comprend cinq genres et 60 espèces (dont 15 non assignées à un genre) acceptés par l'ICTV. Ce sont des virus à ARN à double brin classés dans le groupe III de la classification Baltimore. Les hôtes naturels de ces virus sont des espèces de champignons, de plantes et de protozoaires. Le nom « Partitiviridae » dérive du latin « partitius », qui signifie « divisé », en référence au génome segmenté des Partitivirus. La famille comprend 60 espèces qui sont rattachées à cinq genres ou pour certaines non attribuées à un genre,,.

Les virus de la famille des Partitiviridae, qu'ils infectent des champignons (virus fongiques) ou des plantes (virus végétaux), sont tous associés à des infections latentes de leurs hôtes respectifs, c'est-à-dire sans symptômes apparents. On ne connaît aucun vecteur biologique naturel de ces virus.

Les virus fongiques sont transmis par voie intracellulaire lors de la division cellulaire et la sporogenèse (transmission verticale) ainsi qu'après une anastomose hyphale, c'est-à-dire une fusion cellulaire, entre des souches fongiques compatibles (transmission horizontale). Les virus végétaux ne sont pas transmis horizontalement par greffage ou par d'autres moyens mécaniques, mais sont seulement transmis par les ovules ou le pollen à l'embryon de la graine (transmission verticale).

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分體病毒科 ( кинески )

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