脊索动物门（学名：Chordata）是指有脊索，或其在演化过程退化而被脊椎取代的动物。是动物界最高等的门。脊索动物的共同特征包括：在生活史中的某个阶段具有脊索、中空的背神经管、咽鳃裂以及肛后尾。
脊索动物门可以分为尾索动物亚门、头索动物亚门和脊椎动物亚门三个亚门。其中尾索动物亚门和头索动物亚门可以合称为“原索动物”，生活在海洋中。尾索动物幼虫期具有脊索和神经索，但在成体消失。头索动物终生保留脊索和神经索。在脊椎动物中，脊索作用由骨质脊柱代替。
少数学者提出将半索动物门也置于脊索动物门下，并命名为口索动物亚门。
通常说的脊椎动物学主要是指研究脊索动物的一个动物学分支，不單單是研究脊椎动物门。
现存的脊索动物之间的关系如下圖的系统发生树所示。因为它和传统的分类类群並未有很好的吻合，所以对脊椎动物的分类还存在争论。
脊索動物門（Chordata）
牙形石綱†
頭甲魚綱†
鰭甲魚綱†
有頜下門盾皮魚綱†
真口動物棘魚綱†
硬骨魚總綱 肉鰭魚綱 四足總綱 羊膜動物 合弓綱† 蜥形綱脊索动物门（学名：Chordata）是指有脊索，或其在演化过程退化而被脊椎取代的动物。是动物界最高等的门。脊索动物的共同特征包括：在生活史中的某个阶段具有脊索、中空的背神经管、咽鳃裂以及肛后尾。
脊索动物门可以分为尾索动物亚门、头索动物亚门和脊椎动物亚门三个亚门。其中尾索动物亚门和头索动物亚门可以合称为“原索动物”，生活在海洋中。尾索动物幼虫期具有脊索和神经索，但在成体消失。头索动物终生保留脊索和神经索。在脊椎动物中，脊索作用由骨质脊柱代替。
